RFdiffusion

模型介绍

RFdiffusion 是一种基于扩散模型的蛋白质骨架生成和设计方法，可用于无条件骨架生成、motif scaffolding、PPI/binder 设计和对称寡聚体采样。

模型描述

RFdiffusion 模型基于 RoseTTAFold 三轨网络与 SE(3) 等变去噪扩散过程的生成式蛋白质设计模型，可从随机结构逐步生成满足指定拓扑或功能约束的蛋白质骨架。

当前 ModelScope 包面向下载即用、本地快速验证和 OneCode 自动化运行场景，代码、配置、示例输入和权重均已放在当前目录内。

适用场景

使用说明

1. OneCode 使用

可通过 OneCode 在线环境体验智能化一键式 AI4S 编程：

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2. 手动安装使用

硬件要求

• 推荐使用GPU或DCU运行。
• CPU可以用于连通性验证，但速度较慢。
• DCU用户需要预先安装DTK，建议使用DTK 25.04.2以上版本或与当前集群匹配的OneScience推荐版本。

软件要求

想了解更多适配内容请联系 liubiao@sugon.com

环境检测

• NVIDIA GPU：

nvidia-smi

• 海光DCU：

hy-smi

快速开始

1. 安装运行环境

conda create -n onescience311 python=3.11 -y
conda activate onescience311
pip install onescience[bio] -i http://mirrors.onescience.ai:3141/pypi/simple/  --trusted-host mirrors.onescience.ai

#如果下述代码运行存在找不到库的情况，需要激活cuda，参考下列代码

source ${ROCM_PATH}/cuda/env.sh
export LD_LIBRARY_PATH="$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="$CONDA_PREFIX/lib/python3.11/site-packages/fastpt/torch/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

2. 下载模型包并安装环境

modelscope download --model OneScience/RFdiffusion --local_dir ./RFdiffusion

训练权重

训练权重已经收录在weights文件夹内，可下载模型包后直接使用。

3. 运行预检

检查文件和真实权重：

python scripts/preflight.py --strict-weights

安装依赖后检查本地 import：

python scripts/preflight.py --strict-weights --strict-imports

只验证入口和 Hydra 配置，不执行采样：

RF_DIFFUSION_SMOKE_TEST=1 python scripts/run_inference.py

4. 运行推理

如果运行报错缺少.cache文件，可自行创建；

无条件骨架采样示例：

python scripts/run_inference.py \
  'contigmap.contigs=[80-80]' \
  diffuser.T=15 \
  inference.final_step=15 \
  inference.num_designs=1 \
  inference.write_trajectory=False \
  inference.output_prefix=outputs/smoke/design

Motif scaffolding 示例：

python scripts/run_inference.py \
  inference.input_pdb=examples/input_pdbs/1YCR.pdb \
  'contigmap.contigs=[10-40/A163-181/10-40]' \
  inference.output_prefix=outputs/motif/design

对称采样示例：

python scripts/run_inference.py --config-name symmetry \
  diffuser.T=15 \
  inference.final_step=15 \
  inference.output_prefix=outputs/symmetry/c2

5. 常用环境变量

export RF_DIFFUSION_MODEL_DIR=weight
export RF_DIFFUSION_INPUT_PDB=examples/input_pdbs/1qys.pdb
export RF_DIFFUSION_OUTPUT_PREFIX=outputs/design
export RF_DIFFUSION_SCHEDULE_DIR=.cache/schedules

OneScience 官方信息

引用与许可证

RFdiffusion在BSD开源许可下发布（详见 LICENSE 文件），可免费用于非营利和营利目的。